Birbirinden ayırmak derken neyi kastettiğinizi tam anlamadım, çünkü script'te bunlar zaten ayrı alanlar olarak tanımlanmış.
Ancak Giren - Çıkan = Bakiye gibi yapmak için aşağıdaki şekilde kullanabilirsiniz.

  (ISNULL((Select Sum(TS.MIKTAR) From TAHSIS TS Where TS.ORDERNO = T.ORDERNO And TS.MODEL = T.MODEL And TS.MKOD = T.MAL And

          TS.RNK1 = T.RNK1 And TS.RNK2 = T.RNK2 And TS.TIP <= '29'), 0) -

   ISNULL((Select Sum(TS.MIKTAR) From TAHSIS TS Where TS.ORDERNO = T.ORDERNO And TS.MODEL = T.MODEL And TS.MKOD = T.MAL And

          TS.RNK1 = T.RNK1 And TS.RNK2 = T.RNK2 And TS.TIP >= '30'), 0) ) As ['BAKİYE KG.'], 

Tabii deneyip test etme şansımız yok ancak mantık olarak şu şekilde:
"Giren KG" ve "Çıkan KG" alan hesaplarını alıp, as ile isim vermeden,
Parantez içine alıp aralarına - konularak çıkan sonuca as ile Bakiye ismi verilecek.