Ben şu şekilde çalışıyorum:

Eğer kayıtların olduğu tabloda çok yüksek sayıda kayıt olacak ise silinen kayıtları farklı tabloya taşıyorum. Eğer çok sayıda kayıt olmayacak ise sayın Yandemir'in kullandığı metodu kullanıyorum. Sadece Evet/Hayır yerine Sayı/Bayt türünde kullanıyorum. Bunun bana avantajı daha fazla oluyor:

Mesela kayit_durumu=0 ise silinmiş ancak sadece Admin okuyabilir ve geri getirebilir,
kayit_durumu=1 ise Yönetici okuyabilir ancak geri getiremez,
kayit_durumu=2 ise kayıt silinmiştir ve silen kişi tarafından geri getirilebilir. Silinmesinde çok önem olmayıp kayıtların geri getirilmesine izin verdiğim durumlarda kullanıyorum. Mesela yeni kategori ekleme/silme işleminde olabilir.
kayit_durumu=3 ise silinen kayıt silinen kişi tarafından geri getirilemez.