Tam emin değilim ama bu şekilde denermisniz.
1-eğer project inde 1den fazla form varsa başlangıç formunu ekranda aç,
2-form aktifken properties penceresinden "icon" seçeneğini bulup çift tıkla,
3-ikonun yerini göster (dikkat et vb her dosyayı açmaz)
4-project i kaydet ve tekrardan "File>Make Project EXE" seç,
5-ikonlu exe dosyan hazır...